【質問】新幹線通勤を認めた場合の就業規則や税務面の留意点

現在、就業規則で「通勤手当は片道80km以内とし、新幹線や特急料金は支給対象外」と定めています。
ただし、通勤の実情から、ある従業員については特例的に新幹線通勤を認める方向で検討しています。

このように、就業規則に反して個別の通勤方法を認めることに問題はあるのでしょうか？また、税務・社会保険・給与計算などの実務面での注意点があれば教えてください。

【回答】特例対応には就業規則の見直しと慎重な運用が必要

新幹線通勤の導入は「制度変更」と「先例管理」がカギになります。

就業規則を変更せずに特例運用するのはリスクがある

就業規則で新幹線通勤を除外しているにもかかわらず、個別に新幹線通勤を認める場合は、まず規則の見直しが必要です。対象者や支給条件を明確に定め、社内で統一的に運用できるルールを整備することが不可欠です。

また、特例を一度認めてしまうと、今後他の社員から同様の申請があった際に対応せざるを得なくなる可能性があるため、事前に対応方針を固めておきましょう。

規則を守るべき立場の人事部門がルールを無視することは、統制上の問題につながりかねません。

税務・社会保険・給与計算への影響に注意

税務上は、通勤手当が月15万円まで非課税となります。新幹線の特急料金も「合理的な通勤方法」であれば非課税対象に含まれますが、グリーン車などの追加料金は対象外です。

社会保険では、通勤手当を含めた総支給額で保険料が算定されるため、支給額が増えると等級が上がる可能性があります（月額変更届の対象となるのは2等級以上の変動時）。

また、雇用保険料も比例して上がります。

特例的な通勤手当が「手取り減」や「保険料増加」につながることもあるため、社員本人への説明も忘れずに。

給与計算上の対応ルールも明確にしておく

1ヶ月を超える定期券を支給する場合は、経路変更や退職時の取り扱いが煩雑になるため、運用ルールを事前に整備しておきましょう。

具体的には以下のような項目を定めておくと良いです：

  • 経路変更時の申請期限と手続き
  • 払い戻しの計算方法と手数料負担
  • 定期代支給の起算日と月数
  • 申請遅れや不正受給時の懲戒規定

交通費は金額が大きくなりやすいため、ルールを決めずに支給するとトラブルのもとになります。

まとめ

新幹線通勤を認める場合は、就業規則の見直しや社内統制の観点から慎重な対応が求められます。例外的な対応が将来的な「先例」となり、統制の難しさを生む可能性があるため、対応方針とルールを明文化しておくことが重要です。

また、税務・社会保険・給与計算に影響が出ることもあるため、労務担当者だけでなく、経理や税務部門とも連携して運用体制を整えておきましょう。

ルールを決めたうえで、誰にとっても公平な制度運用を目指すことが、社内の納得感と信頼感を生みます。

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