労働時間の管理には、通常通り始業終業時刻を管理する方法と「みなし時間」を適用する方法の2パターンが考えられます。
それぞれの方法には、次の通りメリットデメリットがあります。

	メリット	デメリット
通常の労働時間管理	通常の勤務形態と同様に細かく労働時間を確認するため、超過労働の管理不足等の問題は発生しない。	都度、勤務中・休憩中等の確認が必要になり、出社型の勤務と比べて管理負荷が大きくなる。
みなし労働時間制	労働時間を算定しがたいときには、所定労働時間労働したものとみなすため、細かな労働時間の管理は不要になる	携帯電話等で連絡をしていた場合は労働時間を管理できたと判断される可能性があり、未払残業問題等で揉めた場合には会社として不利になる。

なお、在宅勤務の場合、以下の条件を満たした場合は、労働基準法38条2の事業場外みなし労働時間制が適用されるようになります。（平16.3.5　基発0305001号）

1.当該業務が、起居寝食等私生活を営む自宅で行われること
2.当該情報通信機器が、常時通信可能な状態におくことと”されていない”こと
3.当該業務が、随時使用者の具体的な指示に基づいて行われていないこと