国税庁より、所得税法の施行規則が改正され、個人番号（マイナンバー）の記載は不要と変更されたそうです。
完全に不要になったのではなく、「税務署提出の書類は、従来通り必要」ということなので、ここを見落とさないのがポイントです。

以下、国税庁のパンフより。
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本人へ交付する源泉徴収票や支払通知書等への個人番号の記載は必要ありません！

平成 27 年 10 月２日に所得税法施行規則等の改正が行われ、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（以下「番号法」といいます。）施行後の平成 28 年１月以降も、給与などの支払を受ける方に交付する源泉徴収票などへの個人番号の記載は行わないこととされました（個人番号が記載不要となる税務関係書類は、以下のものです。）。
なお、税務署に提出する源泉徴収票などには個人番号の記載が必要ですので御注意ください。

★個人番号の記載が不要となる税務関係書類
・給与所得の源泉徴収票
・退職所得の源泉徴収票
・公的年金等の源泉徴収票
・配当等とみなす金額に関する支払通知書
・オープン型証券投資信託収益の分配の支払通知書
・上場株式配当等の支払に関する通知書
・特定口座年間取引報告書
・未成年者口座年間取引報告書
・特定割引債の償還金の支払通知書

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国税庁のパンフもご覧ください！！
http://www.nta.go.jp/mynumberinfo/pdf/mynumber_gensen.pdf